Авиакомпания КД авиа (до июня 2005 года – Калининградавиа ) образована в 2002 году в результате банкротства и распада государственного предприятия Калининградавиа . 28 февраля компанией было получено свидетельство эксплуатанта, после чего началось выполнение регулярных полетов. Унаследованный от ГП Калининградавиа флот состоял из шести самолетов Ту-134 и двух Ту-154М. Политическая обстановка вокруг Калининградской области в 2003 году существенно осложнилась после отмены Литовской республикой безвизового транзита по своей территории. Вследствие этого спрос на воздушный транспорт резко возрос, и Калининградавиа ввела 4 ежедневных рейса в Москву. Однако недостаточная вместительность самолетов Ту-134 не позволила авиакомпании решить проблему полностью. Этот факт в числе других существенных причин стал основанием для грандиозной программы преобразования предприятия. Акционеры ОАО Калининградавиа отметили два главных направления развития: замена устаревшей авиатехники более вместительными, экономичными и комфортабельными самолетами Боинг, а также масштабная реконструкция пассажирского терминала калининградского аэропорта Храброво . Целью перемен было создание в калининградском аэропорту мощного авиатранспортного узла, работающего по принципу хаба, предлагающего пассажирам удобную воздушную связь между крупными городами России и Европы.

Реализация программы началась в 2004 году: стартовало строительство нового терминала, пилоты авиакомпании прошли переучивание и тренажерную подготовку для управления воздушным судном нового типа на базе предприятия Boeing в Денвере, США, а уже 12 февраля 2005 года в аэропорт Храброво прибыл первый Боинг 737-300. Этот и последующие новые самолеты приобретались авиакомпанией в лизинг.

В июне из эксплуатации был выведен последний отечественный самолет. Тогда же авиакомпания получила новое имя – КД авиа ( KD avia ). KD – код авиакомпании, присвоенный Международной ассоциацией воздушного транспорта (IATA).

На конец 2005 года флот авиакомпании состоял из шести самолетов Боинг 737-300, выполнявших регулярные рейсы в Москву, Санкт-Петербург и Берлин. Кроме того, КД авиа начала осуществлять чартерную программу из Калининграда, Москвы и некоторых российских городов в Европу и Ближний Восток. Объемы перевозок на каждом направлении переживали интенсивный рост: Транспортная Клиринговая Палата внесла КД авиа вошла в десятку крупнейших российских авиакомпаний по объему пассажирских перевозок на международных воздушных линиях в январе-феврале 2006 года.

В июне 2006 года авиакомпания открыла два новых регулярных рейса – в Киев и Сочи, весьма востребованных у пассажиров. Парк воздушных судов пополнился седьмым Боингом 737-300.

Летом 2007 года введена в эксплуатацию первая очередь нового пассажирского терминала, и начаты полетов по узловой схеме. География полетов охватила такие города, как Самара, Казань, Уфа, Нижний Новгород, Екатеринбург, Челябинск, Пермь, Омск, Ростов, Тюмень, Сургут, Нижневартовск, Москва, Санкт-Петербург, Астана, Ереван, Баку, Киев, а также Париж, Лондон, Рим, Милан, Мадрид, Барселона, Вена, Варшава, Прага, Амстердам, Осло, Стокгольм, Хельсинки, Копенгаген, Тель-Авив, Стамбул, Берлин, Ганновер, Мюнхен.