Авиакомпания Air Micronesia была образована 16 мая 1968 года в качестве дочернего подразделения Continental Airlines для обеспечения грузовых и пассажирских авиаперевозок между населёнными пунктами бывшей Подопечной территории Тихоокеанские острова. Первоначально воздушный парк перевозчика состоял из самолётов Boeing 727—100 и Douglas DC-6, а также амфибий Grumman SA-16/HU-16 Albatross, работавших на маршрутах с островов Чуук в штат Понпеи вплоть до момента возведения в этих аэропортах взлётно-посадочных полос, способных принимать лайнеры Boeing 727.

Эксплуатация 727-х на местных ВПП, построенных на коралловом покрытии, стала возможной вследствие того, что нижняя часть самолётов Boeing 727 покрывалась специальным защитным материалом из политетрафторэтилена (тефлона). Кроме этого, все самолёты Boeing 727—100 Air Micronesia специально оснащались комплектами выживания в открытом океане, допплеровским радаром и большим количеством запасных частей (включая шины на шасси), что в то время было большой редкостью в индустрии коммерческих авиаперевозок.

В начале 1980-х годов авиакомпания ввела регулярный рейс из Гуама в Японию. К середине 1990-х годов доля собственности Continental Airlines в Air Micronesia была значительно увеличена и компания сменила своё название на Continental Air Micronesia и затем — в связи с полным вхождением в состав авиационного холдинга — на существующее в настоящее время Continental Micronesia.

В 1985 году компания перенесла свою штаб-квартиру в Сайпан, Северные Марианские острова[7].

После ухода в середине 1990-х магистральной авиакомпании United Airlines с рынка пассажирских перевозок Гуама, на обслуживании двух американских территории Гуам и Северные Марианские острова остались только две авиакомпании США — Continental Micronesia и Northwest Airlines. В настоящее время Continental Micronesia обеспечивает рейсы из Гуама в любой аэропорт пятидесяти штатов США путём стыковочного маршрута Гуам-Гонолулу.

По состоянию на январь 2008 года в штате Continental Micronesia работало 1500 сотрудников, по данному показателю перевозчик является крупнейшим в Гуаме частным работодателем. В январе 2008 года авиакомпания выполняла до 236 еженедельных вылетов на регулярных рейсах по 23 городам