В 20:50 все шесть космонавтов и астронавтов встали перекусить. Но если у экипажа МКС-2 был запланирован ужин, то у экспедиции посещения – завтрак. Если экипаж станции собирался опять поспать, то у экипажа Мусабаева наступил этап расконсервации корабля перед расстыковкой.
В 22:40 состоялась передача управления от американского сегмента (АС) на российский сегмент (РС). В сеансе связи 23:04–23:20 прошло закрытие переходного люка между станцией и кораблем «Союз» (23:12). Последовавшая затем проверка герметичности показала, что все в норме.
При прощании было заметно различное отношение к Деннису Тито со стороны членов экипажа МКС. Если с Юрием они обнялись, то Джим ограничился рукопожатием, а Сьюзен вообще отошла. Но это их американское дело. Главное, впервые, но, надеюсь, не в последний раз, руководством Росавиакосмоса была проявлена политическая воля, и полет первого туриста на международную станцию на российском корабле состоялся, невзирая на протесты NASA.
«Это было лучшее время в моей жизни, – сказал Тито перед закрытием люка. – Я осуществил свою мечту, и ничто не могло быть лучше. Я благодарю всех, кто обеспечивал мой полет».

6 мая. 9-е сутки полета ЭП-1. Пока экипаж МКС отдыхал после приема гостей (сначала экипаж шаттла, затем «Союза»), экипаж Талгата Мусабаева напряженно готовился к расстыковке. В сеансе 02:11– 02:32 произошла расстыковка «Союза ТМ-31» от осевого узла на агрегатном отсеке СМ. Непосредственно перед этим событием станция была переведена в индикаторный режим. Команда на расстыковку была выдана в 02:18. Точное время расстыковки – 02:21:09 UTC (05:21:09 ДМВ).
Участок автономного полета был отмечен нештатной ситуацией. Хотя Деннис Тито и находился во время спуска в противоперегрузочном костюме «Кентавр» (остальным членам экипажа почему-то их не подготовили), по телеметрии у него была зафиксирована неустойчивая работа сердца. Поэтому Мусабаеву по указанию Земли пришлось передать функцию управления спуском Батурину, отвязаться, вылезти из кресла, найти в аптечке необходимые таблетки панангин и валидол и дать Деннису. Для конспирации, чтобы не создавать паники среди членов экипажа, эти таблетки обозвали №9 и №7 соответственно.
Качество телеметрии с медицинских поясов было хорошим. Видно, сказалось указание Земли протирать электроды не водой, как раньше, а специальным гелем. Правда, в укладку для экипажа ЭП этот гель не положили, пришлось забрать предпоследний тюбик у основной экспедиции.
В 04:47 двигатель «Союза» был включен на торможение (расчетная продолжительность работы – 175 сек, импульс – 111 м/с). Корабль пошел на спуск.
Посадка спускаемого аппарата «Союза ТМ-31» произошла в 05:41:28 UTC (08:41:28 ДМВ) на территории Казахстана к северо-северо-востоку от г.Аркалык. Сильный ветер повалил СА на бок и протащил его на парашюте примерно 15 метров. Недолет составил 54 км, поэтому восемь вертолетов поисково-спасательной службы остались в стороне и 10–15 минут никто за экипажем не прилетал. Когда специалисты «Энергии» начали открывать люк, выяснилось, что лямка интерьера захлестнула штурвал крышки люка и мешала его открытию. Спасатели плохо слышали экипаж, крики «не тянуть люк» принимали за крики о помощи и тянули изо всех сил. Но все же лямку удалось сбросить – и все члены экипажа «Союза» оказались в объятиях встречающих. Первый полет экспедиции по замене корабля-спасателя завершился успешно.

«Полет замечательный, это было лучше всего! Это был рай, я только что вернулся из рая», – таковы были первые слова Тито для спасателей и журналистов. При первом медицинском осмотре никаких серьезных повреждений врачи у него не обнаружили.
С места посадки экипаж был доставлен в Астану. В здании аэровокзала космонавтов приветствовал президент Казахстана Нурсултан Назарбаев. После короткой пресс-конференции экипаж вылетел в Москву. В 16:50 ДМВ самолет приземлился на аэродроме Чкаловский, где членов экипажа встретили посол Казахстана в России Т.А.Мансуров, технический руководитель пилотируемых программ России, академик РАН Ю.П.Семенов, председатель Государственной комиссии по пилотируемым полетам генерал-лейтенант В.А.Гринь, начальник РГНИИ ЦПК имени Ю.А.Гагарина П.И.Климук, представители промышленности, Росавиакосмоса, Министерства обороны РФ, семьи и друзья космонавтов.