Общество с ограниченной ответственностью авиакомпания ИЛИН создано 27 июля 1999 года, свидетельство о государственной регистрации № 2973 от 04 августа 1999г. Решением учредителей генеральным директором назначен Корякин Андрей Васильевич. Первыми работниками стали заместитель генерального директора по инженерно-авиационному обеспечению Савельев Александр Сергеевич, авиатехник Иванов Евсей Гаврильевич, инженер Нечаев Юрий Федорович.
Первые два самолета АН-2 приобрели в августе 1999 года, которые перегнали в октябре. С приходом командиров воздушного судна Меньщикова Николая Васильевича, Демидова Михаила Васильевича и второго пилота Спиридонова Анатолия Валентиновича начала свое существование летная служба АК. Заключен первый договор аренды на территорию бывшей воинской части на 12 км Маганского тракта. Договор был заключен на условиях охраны и содержания объекта, где кроме разрушенных зданий не было ничего, даже электростолбов. Тогда началось обустройство и строительство авиабазы ИЛИН . К декабрю 1999 года штат сотрудников АК насчитывал 11 человек.
6 февраля 2000 года был получен сертификат эксплуатанта. В марте 2000 года началось строительство склада ГСМ. Тогда же приобрели первый вагончик, который был одновременно и техничкой и летной службой. Сами работники восстанавливали старое здание, которое впоследствии стало штабом. Первый полет на самолете Ан-2 весной 2000 года был произведен в Кобяйский улус по заявке Министерства внешних связей. Пассажирами были Ричард Стефанс - консул посольства США по Дальнему Востоку, представители посольства и министерства. Этот полет дал старт работе на переправе во время весеннего ледохода. Началась перевозка пассажиров в Борогонцы, Чурапчу, Усть-Маю, Амгу. Появились новые заказчики. Поэтому в Иркутске дополнительно было приобретено еще два самолета АН-2, которые автотранспортом были перевезены на ремонт в Красноярск. Организатором и исполнителем этого сложного задания был Савельев Петр Сергеевич. Силами авиакомпании была восстановлена одна рулежная полоса, соединившая бывшую военную и гражданскую части аэродрома Маган. К июлю 2000 года оборудовали стоянку под воздушные суда, поставили светосигнальные устройства, забетонировали одну вертолетную стоянку для приобретенного вертолета Ми-8. Появилась служба авиационной безопасности. Заключили договора на обслуживание санавиации, перевозки почты, с Лесавиаохраной. Штат работников уже 18 человек.
2001 год. На авиабазе появляются мастерская, АТБ, склад ГСМ с централизованной заправкой, заканчивается обустройство территории, приобретена спецтехника, даже стационарный металлоискатель. Увеличивается объем работ. Налаживаются чартерные внутриулусные перевозки по Кобяйской группе наслегов, Сангары, Верхневилюйск, Усть-Мая. Начались работы с ОАО Газпром по Вилюйскому улусу. Работа вертолета МИ-8 в Батагае. Ежедневное дежурство по санзаданию, борьба с лесными пожарами, отстрел волков, работа с Южно-Верхоянской геологоразведывательной компанией, старателями, Институтом Мерзлотоведения, Министерством чрезвычайных ситуаций. Инженерно-авиационная служба подготовила самолёты Ан-2 к полётам при температуре наружного воздуха –55’.
2002 год. Появились постоянные заказчики как государственные, так и коммерческие структуры. Парк воздушных судов значительно вырос: семь самолетов Ан-2, два вертолета Ми-8.
2003 год. АК Илин в феврале празднует свое 3-летие. Штат сотрудников 80 человек. Появилась идея возрождения опыта эксплуатации вертолетов Ми-2 в Якутии. Эта идея была воплощена в реальные воздушные суда и полеты.
2003 год ознаменован началом эксплуатации самолета Л-410, которые после ликвидации Авиакомпании НАК «Саха Авиа» не использовались, а тихо физически старели на дальних стоянках аэродрома Маган.
2004 - 2005 годы. Это ежедневная, порой сложная работа первоклассных специалистов летной и инженерно-авиационной служб авиакомпании, имеющих высокую квалификацию и большой опыт работы в условиях Севера. Вертолеты Ми-8 обеспечивают хозяйственную деятельность основных предприятий нефтегазовой отрасли республики (ННГК Саханефтегаз, ООО Саханефтегазстрой, ОАО Сахатранснефтегаз, ОАО Якутгазпром). Кроме того, основными заказчиками являются Якутская авиационная база охраны лесов, Институт мерзлотоведения, Министерство по делам гражданской обороны и чрезвычайным ситуациям, ОАО Якутскэнерго, ГУП Якутская поисково-съемочная экспедиция, Управление природных ресурсов и охраны окружающей среды. Вертолеты Ми-2 обеспечивают по заявкам Республиканского центра медицины катастроф дежурства по санитарным заданиям для вывоза больных и раненных людей из таких отдаленных глухих мест, куда посадка самолета или сложна или невозможна. Самолеты Л-410 задействованы под пассажирские перевозки по расписанию, что позволило нам занять свою нишу в новом для нашей авиакомпании сегменте рынка – авиаперевозки на дальность до 600 км. После долгого перерыва возобновлены пассажирские авиаперевозки в такие пункты, как Джебарики Хая, Солнечный, Кысыл-Сыр, Оймякон. Выполняются полёты по социально-значимым направлениям в соответствии с государственной программой дотационных авиаперевозок.
За 5 лет воздушными судами нашей авиакомпании перевезено более 73 139 пассажиров, 2 477,66 тонны груза и багажа, 184,69 тонн почты. При этом общий налет составляет 16 270,48 часов.
Гражданская авиация Якутии является одной из важнейших отраслей экономики. В сложных условиях Севера ни один вид наземного транспорта не может сравниться с малой авиацией по качеству и скорости транспортировки, а кроме того, есть виды работ, которые можно выполнить только с использованием малой авиации.